Puedes tranquilamente contabilizarlo como gasto.

Yo incluiria el total de la compra mas la reforma  como  211-Construcciones.
Ahora bien, separando dentro de la 211 el importe del terreno del resto, ya que el terreno no es depreciables. Puedes habilitar dos sub-cuentas a 4  o 5 dígitos a efectos de la amortización.

Siendo así, se trata efectivamente de un gasto con periodicidad mensual. Podrias imputarlo tanto a la 621 como a la 629. Puedes decidirlo a cara o cruz.

La instalacion de una alarma, al margen del coste que ello represente, es propio de una inversión en el Activo Material en concreto en la 215-Otras instalaciones y como tal, sujeto a amortización.
No se trata de un gasto, tal como insinuas, ya que es un elemento con vida útil superior al año.

Debo suponer pues que estamos ante un tema que afecta a la contabilidad de una asociación sin ánimo de lucro.
Existe una adaptación a la contabilidad del Plan de Contabilidad de pequeñas y
medianas entidades sin fines lucrativos. Ver enlace

https://www.boe.es/boe/dias/2013/04/09/pdfs/BOE-A-2013-3736.pdf

donde, en su Plan de Cuentas , a buen seguro encontrarás la más adecuada para registrar este gasto objeto de la consulta.

A buen supuesto dentro del planteo del Inmovilizado Material estas obran vendran a incrementar el coste amortizable por la adquisición de la casa. La amortización deberia comenzar en el preciso momento en que el habitaje comience a prestar su efectivo servicio a su uso. Entre tanto, el importe de las obras podria reposar en la 231-Construcciones en curso.



 

En primer lugar deberias concretar en que supuesto debemos entender figura esta vivienda dentro de la operativa empresarial. ¿Estamos ante un caso de Inmovilizado Material, Inversiones Mobiliarias o bien de Existencias (sector inmobiliario)?

Deberias registrarlo por separado por aquellos elementos que entiendas puedan demandar una vida útil diferenciada, a los efectos de su amortización.
Por ejemplo :
-La cocina
-Los armarios
-Mobiliario
-Obra albañileria en general

Si el inmueble se incorpora al Activo de la Sociedad en forma de aportación no monetaria al Capital, por parte de esta persona física en calidad de nuevo socio, o ampliación de su ya anterior participación, entiendo que la subrrogación de la hipoteca es obligatoria.
Si la valoración del bien aportado como Capital, se ajusta a los valores que citas, el asiento deberia ser:
Debe: 1.000.000    211-Construcciones
Haber:   200.000    100-Capital Social
            800.000    170/520- Deudas con entidades de crédito

En tanto continues dado en alta de actividad, deberás presentar e ingresar el mod. 202 a cta. del I.S.
A partir de la baja cursada, cesará la obligación. Los pagos afectuados si resultan a devolver, se recuperaran a través de la declaración del Impuesto por el mod. 200.

Presumiento que el importe de esta colaboración del arrendador en el coste de la reforma del local es de entidad importante, podrias darle el tratamiento de una subvención por la via de la 132- Otras subvenciones, donaciones y legados.

En estos casos, lo más habitual es considerar el cambio del tejado como Mantenimiento (622). La nave continúa amortizándose como hasta ahora.

La verdad, desde mi posición y a la luz de tus explicaciones, se me escapa el intringulis del caso, que va más allà de una duda contable. No soy capaz de añadirte nada más. Te aconsejaria pusieras el asunto en manos de un buen asesor fiscal para saber a qué atenerte.
Te deseo suerte en la resolucion.

Al momento de crear juridicamente la empresa (SLU) si estos ahorros quedaron incorporados a la Tesoreria empresarial ,de alguna manera debieron quedar reconocidos como Capital fundacional. Si así fue, a partir de aquí los dineros, sea en cuenta del negocio, o plazo fijo, ya se consideraban como un activo empresarial.
Sería posteriormente cuando se decidió pasar la cuenta de plazo fijo a vuestro patrimonio particular, cuando debió adecuarse, o bien una disminución de Capital, o bien como un reparto de beneficios.
Por lo menos , eso es la impresión que saco de cuanto hasta ahora nos has dejado explicado........

Cuestión bastante enrevesada la que expones. Entiendo la problemática actual para poder adecuar  la salida de este activo monetario empresarial hacia vuestros bolsillos, no justificable bajo ningun concepto deducible (compras , gastos o servicios). Pero por otra parte no podemos ignorar que con anterioridad, hasta el 2016 , estos dineros ingresaron de vuestro patrimonio personal hacia la cuenta de plazo fijo a nombre de la empresa, lo cual representó un ingreso fantasma porqué por lo vissto no se contabilizó nada en dichos momentos. ¿Como transitaron en el Impuesto Sociedades?.
Pues ahora podriamos decir aquello de: lo comido por lo bebido ....

Este gasto se corresponde como una inversión del Inmovilizado Material cuando se cumpla la definición de Activo.
En tal caso , la norma del PGC fija que deben amortizarse  el coste de estas reformas por el espacio temporal de la vigencia del contrato de alquiler, más las posibles prórrogas a que se tuviera derecho , cuando existan evidencias que soporten que las mismas se van a ejercer, siempre y cuando resulten inferiores a su via útil.

En el terreno fiscal , Véase del INFORMA de la AEAT:

" Consultas
IMPUESTO SOBRE SOCIEDADES R.D.LEG. 4/2004
BASE IMPONIBLE
AMORTIZACIONES INVERSIONES EN LOCAL ARRENDADO
Inicio Buscador Normativa Consultas Vinculantes DGT
Informa

129567-INVERSIONES EN LOCAL ARRENDADO

Pregunta
El arrendatario de un local de negocio realiza inversiones que no son separables del activo arrendado y que tienen la consideración de activo conforme al nuevo PGC, ¿cómo se imputa fiscalmente el gasto?
Respuesta
En la segunda parte del PGC, relativo a normas de registro y valoración, en las normas particulares sobre inmovilizado material se señala que, en estos supuestos, las inversiones se contabilizarán como inmovilizado material cuando cumplan la definición de activo, realizándose la amortización de estas inversiones en función de su vida útil, que será la duración del contrato del arrendamiento o cesión cuando sea inferior dicha duración a la vida económica del activo.

Por su parte, en cuanto que el artículo 10.3 del TRLIS remite al resultado contable con las correcciones previstas en el TRLIS, al tener la inversión la consideración de inmovilizado material, la amortización fiscal se realizará conforme a los métodos de amortización fiscalmente admisibles previstos en el artículo 11.1 del TRLIS.


Normativa/Doctrina
Disposición adicional octava Ley 16 / 2007 , de 04 de julio de 2007 .
Artículos 10.3 y 11.1 TRLIS, Real Decreto Legislativo 4/2004, de 5 de marzo
Norma Valoración 3ª PGC, Real Decreto 1514/2007, de 16 de noviembre "

De lo cual se deduce que, por descontado, la decisión de llevarlo directamente a "gastos de ejercicio" queda fuera de posibilidad de deducirlo a efectos del Impuesto. Es un riesgo a asumir , si os empeñais en ello.